Một hạt điển hình gồm có ba phần cơ bản: một phôi, một nguồn dinh dưỡng cho phôi, và một lớp áo hạt.

Hạt và các bộ phận của hạt

Sau quá trình thụ tinh, noãn của thực vật có hạt sẽ biến đổi thành hạt (còn gọi là hạt giống hay chủng tử). Những phần của noãn sẽ biến đổi thành những phần tương ứng của hạt. Hạt gồm có vỏ (còn gọi là áo), phôi (hay phôi mầm) và phôi nhũ (bao gồm nội nhũ và ngoại nhũ, chứa các chất dinh dưỡng dự trữ).

Vỏ hạt có các hình dạng sau: nhẵn bóng, sần sù, mọng nước...

Phôi của hạt gồm: rễ mầm, thân mầm, lá mầm và chồi mầm.

Chất dinh dưỡng dự trữ của hạt chứa trong lá mầm hoặc trong phôi nhũ.

Cây Hai lá mầm phôi của hạt có hai lá mầm, cây Một lá mầm phôi của hạt chỉ có một lá mầm.Tuỳ thuộc vào sự có mặt của nội nhũ và ngoại nhũ trong hạt, người ta phân chia hạt thành bốn loại sau: hạt có nội nhũ, hạt không có nội nhũ, hạt vừa có nội nhũ vừa có ngoại nhũ, và hạt có ngoại nhũ.

Lưu ý trong tiếng Việt, với một số loài thực vật, cách gọi "hạt" (hay "hột", "hạch") theo nghĩa thông thường còn bao gồm cả phần vỏ quả trong (endocarp) đã cứng lại, bao bọc bên ngoài hạt giống (hạt theo nghĩa sinh học). Khi đó, hạt theo nghĩa sinh học sẽ được gọi là nhân (ví dụ, "nhân đào" chính là hạt theo nghĩa sinh học của loài đào, nằm trong "hạt đào").

Phôi

Phôi là cây non mà từ đó sẽ phát triển thành một cây mới ở điều kiện thích hợp. Với thực vật một lá mầm, phôi chỉ có một lá mầm. Với thực vật hai lá mầm, phôi có hai lá mầm. Với thực vật hạt trần thì có thể có hơn hai lá mầm. Phần rễ mầm là rễ của phôi, chồi mầm là chồi của phôi. Phần thân phôi ở trên điểm gắn liền các lá mầm là trụ trên lá mầm, nếu nằm ở dưới thì được gọi là trụ dưới lá mầm.

Phần dự trữ

Bên trong hạt thường có một nơi chứa chất dinh dưỡng cho cây non và nó sẽ phát triển lên từ phôi. Các hình thức chứa dưỡng chất rất đa dạng và phụ thuộc vào các loại cây. Ở cây hạt kín, phần dưỡng chất lúc đầu là một mô được gọi là nội nhũ, được chuyển hóa từ cây mẹ thông qua thụ tinh kép. Nội nhũ của thực vật tam bội thường có nhiều dầu, tinh bột và protein. Ở thực vật hạt trần, chẳng hạn như các loại cây có quả hình nón, phần mô chứa dưỡng chất (cũng được gọi là nội nhũ) là một phần của giao tử cái, một mô đơn bội. Ở một số loài, phần phôi được ôm hẳn trong nội nhũ hay giao tử cái, và cây non sẽ sử dụng khi nảy mầm. Nói một cách khác, phần nội nhũ sẽ được phôi hấp thụ và phát triển bên trong hạt, và lá mầm của phôi sẽ chứa đầy dưỡng chất. Khi trưởng thành, hạt của những loài này không có nội nhũ và được gọi là hạt có albumin bên ngoài. Một số hạt có albumin bên ngoài là hạt đậu, sồi, óc chó, bí, hướng dương và cải. Hạt có nội nhũ khi trưởng thành được gọi là hạt có albumin ở trong. Hầu hết các cây một lá mầm (ví dụ như cỏ và cọ) và nhiều cây hai lá mầm (ví dụ như quả hạch Brazil và thầu dầu) đều cho hạt có chứa albumin ở trong. Tất cả các hạt của thực vật hạt trần đều có albumin ở trong.

Áo hạt

Phần áo hạt (gọi là "testa") phát triển từ phần mô bọc xung quanh noãn. Phần áo hạt của một hạt trưởng thành có thể là một lớp mỏng như giấy (ví dụ như hạt đậu phộng) hoặc dày hơn (lớp áo hạt của bồ kết ba gai và dừa thì dày và cứng, hoặc như một lớp thịt đối với quả lựu).Phần áo hạt giúp bảo vệ phôi khỏi các chấn thương cơ học, bị ăn bởi động vật hay bị rơi ra ngoài. Tùy vào sự phát triển mà phần áo hạt có thể là dạng đôi (bitegmic) hoặc đơn (unitegmic). Áo hạt đôi được tạo thành từ lớp vỏ ngoài và lớp vỏ trong còn với áo hạt đơn ta chỉ thấy phần áo hạt (testa)

Biểu bì của lớp áo hạt có vài tầng. Thường thì những bộ phận của phần áo hạt hay phần vỏ trong (tegmen) sẽ tạo thành một màng bảo vệ cơ học cứng. Tầng "endotegmen" chuyển hóa từ biểu bì phía trong cùng của lớp vỏ trong. Tầng "exotegmen" chuyển hóa từ biểu bì phía ngoài cùng của phần vỏ trong. Tương tự, Tầng "endotesta" chuyển hóa từ biểu bì phía trong cùng của phần vỏ ngoài và tầng ngoài cùng của phần áo hạt chính là biểu bì ngoài cùng, hay còn gọi là "exotesta". Nếu "exotesta" cũng là lớp bảo vệ cơ học thì hạt đó được gọi là "hạt vỏ cứng bên ngoài".Nhưng nếu như lớp bảo vệ cơ học là phần "endotegmen", thì hạt đó gọi là "hạt vỏ cứng bên trong". Phần "exotesta" có thể chứa một hoặc nhiều dãy tế bào được kéo dài ra và giống như một hàng rào (ví dụ như của họ Đậu (Fabaceae)).[1][2] Màng bảo vệ cơ học có thể chống thấm nước, do đó ngăn hạt nảy mầm. Giữa các loại màng bảo vệ đó có thể có sự hiện diện của tế bào cứng hóa gỗ.[3]

Ngoài ba phần cơ bản, một số hạt còn có phần phụ trên lớp áo hạt chẳng hạn như "aril", là phần thịt phát triển bên ngoài cán phôi (thủy tùng và nhục đậu khấu) hoặc "enlaiosome" (cây corydalis) hoặc lông hạt. Những cấu trúc như sợi tóc trên phần biểu bì là túm lông của hạt (chi Bông vải). Một vết sẹo có thể còn lại trên lớp áo hạt, gọi là rốn hạt (hilum), là chỗ mà hạt gắn liền với vách của bầu nhụy bởi phần cán phôi.